Con su carácter de Organismo Público Descentralizado de la Administración Pública tanto Federal  como  Estatal, el  ISEA  tiene   personalidad  jurídica  propia,  con  dependencia normativa   para  lo  técnico  de  la  Secretaría  de   Salud;  y para lo administrativo depende normativamente tanto de la SSA como del Gobierno del Estado.

En su calidad de cabeza del Sector Salud, el ISEA se responsabiliza de normar y coordinar todas las acciones en materia de salud con énfasis en los aspectos de salud pública, preventivos y de fomento a la salud, así como todo lo relacionado al control y regulación sanitaria; se responsabiliza en forma directa de la atención integral a la población abierta que no pertenece a ningún régimen de seguridad social, contando con una cobertura potencial para atención a 408,000 habitantes.